Ein Leistungsauftrag ist ein wichtiges politisches Steuerungsinstrument des Kantons. Mit diesem werden einem bestimmten Politikbereich strategische und organisatorische Leitplanken vorgegeben, in der Regel für vier Jahre. Einen Leistungsauftrag kennen z.B. der Öffentliche Verkehr, die Universität beider Basel und die Industriellen Werke Basel (IWB).

Für die Ausarbeitung von Leistungsaufträgen ist der Regierungsrat zuständig. Er muss diese dem Grossen Rat aber zur Genehmigung vorlegen.